Теория систем функциональных — концепция организации процессов в целостном организме, взаимодействующем со средой. Разработана П. К. Анохиным. В ее основе — представление о функции как достижении организмом приспособительного результата во взаимодействиях со средой. Трактовка нейронных механизмов поведения как систем функциональных была выдвинута И. М. Сеченовым и развита А. А. Ухтомским. Близкие идеи содержит физиология активности Н. А. Бернштейна.
Система функциональная — это определенная организация активности различных элементов, приводящая к достижению соответственного полезного результата. Она формируется в процессах проб и ошибок, генетически и в индивидуальном обучении, и подвергается соответственному отбору. Соотношение современных организмов со средой представляет собой иерархию систем функциональных, усложняемую в ходе эволюции.
Согласно теории систем функциональных, в основе поведения как активного отношения организма со средой лежат качественно специфические системные процессы или процессы организации элементов в систему; поведение целенаправленно, ибо направляется опережающим отражением действительности. Соотношения организма со средой носят циклический характер: в интервале между «стимулом» и началом «реакции» выделяются процессы сличения параметров стимула с акцептором результатов предыдущего действия и синтез афферентный, на базе коего принимается решение — выбор цели и программы действия. Начало двигательной активности означает реализацию действия под определяющим влиянием цели — акцептора результатов действия. Достигнутые результаты тоже сличаются с акцептором результатов действия, и начинается следующий цикл активного соотношения организма со средой.